.\" Hey, EMACS: -*- nroff -*- .TH T-COFFEE 1 "May 13, 2005" .SH NAME t-coffee \- multiple sequence alignment .SH SYNOPSIS .B t_coffee .RI [ options ] file .br .PP \fBt-coffee\fP aligns multiple DNA or protein sequences. .SH OPTIONS A summary of options is included below. For a complete description, see the documentation. .TP .B -full_log S [0] .TP .B -run_name S [0] .TP .B -mem_mode S [0] mem .TP .B -extend D [1] 1 .TP .B -extend_mode S [0] very_fast_triplet .TP .B -max_n_pair D [0] 10 .TP .B -seq_name_for_quadruplet S [0] all .TP .B -compact S [0] default .TP .B -clean S [0] no .TP .B -do_self FL [0] 0 .TP .B -do_normalise D [0] 1000 .TP .B -template_file S [0] .TP .B -seq S [0] .TP .B -in S [0] Mlalign_id_pair Mslow_pair .TP .B -pdb S [0] .TP .B -out_lib W_F [0] no .TP .B -lib_only D [0] 0 .TP .B -outseqweight W_F [0] no .TP .B -seq_source S [0] ANY .TP .B -cosmetic_penalty D [0] -50 .TP .B -gapopen D [0] 0 .TP .B -gapext D [0] 0 .TP .B -fgapopen D [0] 0 .TP .B -fgapext D [0] 0 .TP .B -nomatch D [0] 0 .TP .B -newtree W_F [0] default .TP .B -usetree R_F [0] .TP .B -tree_mode S [0] slow .TP .B -quicktree FL [0] 0 .TP .B -outfile W_F [0] default .TP .B -maximise FL [1] 1 .TP .B -output S [0] clustalw .TP .B -infile R_F [0] .TP .B -matrix S [0] blosum62mt .TP .B -tg_mode D [0] 1 .TP .B -profile_mode S [0] cw_profile_profile .TP .B -profile_comparison S [0] full50 .TP .B -dp_mode S [0] cfasta_pair_wise .TP .B -ktuple D [0] 1 .TP .B -ndiag D [0] 0 .TP .B -diag_threshold D [0] 0 .TP .B -diag_mode D [0] 0 .TP .B -sim_matrix S [0] vasiliky .TP .B -type S [0] .TP .B -outorder S [0] aligned .TP .B -seqnos S [0] off .TP .B -case S [0] keep .TP .B -cpu D [0] 0 .TP .B -maxnseq D [0] 60 .TP .B -maxlen D [0] -1 .TP .B -weight S [0] default .TP .B -seq_weight S [0] t_coffee .TP .B -align FL [1] 1 .TP .B -mocca FL [0] 0 .TP .B -domain FL [0] 0 .TP .B -start D [0] 0 .TP .B -len D [0] 0 .TP .B -scale D [0] 0 .TP .B -mocca_interactive FL [0] 0 .TP .B -evaluate_mode S [0] t_coffee_fast .TP .B -get_type FL [0] 0 .TP .B -clean_aln D [0] 0 .TP .B -clean_threshold D [1] 1 .TP .B -clean_iteration D [1] 1 .TP .B -clean_evaluate_mode S [0] t_coffee_fast .TP .B -profile S [0] .TP .B -profile1 S [0] .TP .B -profile2 S [0] .TP .B -extend_matrix FL [0] 0 .TP .B -prot_min_sim D [40] 40 .TP .B -prot_max_sim D [60] 60 .TP .B -prot_min_cov D [0] 0 .TP .B -pdb_min_sim D [30] 30 .TP .B -pdb_max_sim D [100] 100 .TP .B -pdb_min_cov D [50] 50 .TP .B -pdb_blast_server W_F [0] SIB .TP .B -prot_blast_server W_F [0] SIB .TP .B -pdb_db W_F [0] nrl3d .TP .B -protein_db W_F [0] nr .TP .B -method_log W_F [0] no .TP .B -struc_to_use S [0] .TP .B -cache W_F [0] use .TP .B -align_pdb_param_file W_F [0] no .TP .B -align_pdb_hasch_mode W_F [0] hasch_ca_trace_bubble .TP .B -msa_mode S [0] tree .TP .B -lalign_n_top D [0] 10 .TP .B -iterate D [0] 0 .TP .B -trim D [0] 0 .TP .B -split D [0] 0 .TP .B -trimfile S [0] default .TP .B -split D [0] 0 .TP .B -split_nseq_thres D [0] 0 .TP .B -split_score_thres D [0] 0 .TP .B -check_pdb_status D [0] 0 .TP .B -seq_to_keep S [0] .TP .B -dpa_master_aln S [0] .TP .B -dpa_maxnseq D [0] 10 .TP .B -dpa_min_score1 D [0] .TP .B -dpa_min_score2 D [0] .TP .B -dpa_keep_tmpfile FL [0] 0 .TP .B -dpa_debug D [0] 0 .TP .B -multi_thread S [0] .TP .B -lib_list S [0] .SH SEE ALSO .BR clustalw (1), .BR /usr/share/doc/t-coffee/, .br .BR http://igs-server.cnrs-mrs.fr/~cnotred/Projects_home_page/t_coffee_home .SH AUTHOR t-coffee was written by Cedric Notredame .PP This manual page was written by Steffen Moeller , for the Debian project (but may be used by others).